Die Stiftung hat vorrangig das Ziel, Flächen für den Naturschutz dauerhaft zu sichern und diese naturschutzgerecht zu entwickeln und zu ertüchtigen.
Pflege- und Entwicklungsmaßnahmen werden von der Stiftung derzeit auf rd. 50 Hektar stiftungseigenen Flächen durchgeführt.
Die Stiftung Naturschutz Dornum setzt sich für die Förderung des Umweltschutzes sowie für den Schutz und Erhalt einer für den Artenschutz bedeutsamen Küstenlandschaft und von -landschaftsbestandteilen sowie den Erhalt und die Stärkung der Population von See- und Küstenvögeln und die Schaffung und Entwicklung von Rastmöglichkeiten von Zugvögeln im Küstenstreifen (einschließlich der Ostfriesischen Inseln) ein. Zur Sicherung von See- und Wiesenvogellebensräumen engagiert sich die Stiftung durch den Ankauf und die Pflege und Bewirtschaftung von geeigneten Flächen, um den teils gefährdeten Arten Rückzugsräume und Rastplatzflächen zu bieten. Unter anderem soll dies in den stiftungseigenen Flächen mit Maßnahmen wie Uferaufweitungen entlang des Altensieler Tiefs, mit der Anlage von Kleingewässern in Ufernähe, mit der Vernässung und Wasserstandssicherung von Grünlandflächen, der Entwicklung von Röhricht, Feucht- und Nassgrünland sowie mit der Entwicklung landwirtschaftlicher Flächen zu extensiven Grünland erreicht werden.
Mit geeigneten Maßnahmen des Biotopschutzes sollen naturnahe Pflanzengemeinschaften gefördert werden. Dafür werden natürliche Prozessabläufe verbessert und so heimische Arten in ihrer Entwicklung begünstigt.
In Zusammenarbeit mit der Gemeinde Dornum und in enger Zusammenarbeit mit Spendern, Sponsoren, Planungsträgern, Gemeinden und Behörden hat der BUND Niedersachsen mit der Gründung der Stiftung Naturschutz Dornum ein Instrument geschaffen, das die Zukunftsaufgabe Naturschutz in der Region optimal erfüllt. Ziel der Stiftung ist auch die Umweltbildung. Sie nimmt einen wichtigen Bestandteil der Stiftungs-arbeit ein. Seit vielen Jahren betreiben die Gemeinde Dornum und der BUND Niedersachsen gemeinsam das Nationalpark-Haus und das Umweltforum Dornumersiel. Die Stiftung unterstützt das Nationalpark-Haus Dornumersiel und das Biosphärenreservat Niedersächsisches Wattenmeer sowie das Weltnaturerbe Wattenmeer in deren Arbeit und Wirken.